Pierwszy budynek szkolny w Brodnicy stanął na początku XX wieku. W czasie drugiej wojny światowej był tu zlokalizowany internat dla młodzież niemieckiej – Hitlerjugend. Swą pracę dydaktyczną na rzecz mieszkańców szkoła wznowiła 4 września 1945 roku.

Koncepcja rozbudowy szkoły powstała w latach siedemdziesiątych. Po długim oczekiwaniu dnia 24 lutego 1987 roku wyrażono zgodę na rozbudowę szkoły i wyznaczono miejsce na budynek. Rozbudowa trwała etapami:

• 1991 rok – oddano do użytku salę gimnastyczną,
• 1992 rok – dobudowano część socjalną ( kuchnia, świetlica, biblioteka z czytelnią),
• 1997 rok – oddano do dyspozycji trzy nowe sale lekcyjne, klasę audiowizualną i pokój nauczycielski,
• 1999 – zakończenie budowy.

Szczególnym momentem w historii szkoły było nadanie imienia. Ta niezwykła uroczystość miała miejsce 19 czerwca 1999 roku. Szkole Podstawowej w Brodnicy nadano imię Hymnu Narodowego.

Obecnie w starej części szkoły mieści się Biblioteka Gminna, zaś pozostała przestrzeń szkoły dzieli się na trzy bloki: dydaktyczny, sportowy i żywieniowy.